近年民間環境保護及生態保育意識抬頭，本署為增進國有非公用邊際土地管理效益，達成環境永續經營，已訂頒「國有非公用邊際土地提供認養促進環境保護案件處理原則」，明定國有非公用土地得以不支付管理費方式提供環保團體認養促進環境保護。

本署定期篩選位於海岸地區、濕地、埤塘、山區、經相關主管機關認定屬環境敏感或有生態保護必要地區之國有非公用土地清冊提供環保團體，有認養意願者，可提出認養計畫書向土地所在地轄管之本署各分署（辦事處）申請，經本署各分署（辦事處）受理審查符合上述處理原則並經本署及相關機關代表、學者及專家等召開審查會議共同審查同意後，即與申請人簽訂認養契約，其期限最長為6年，期滿後得再重新申請認養。