申評會處理、調查及評議程序如下：

（一）接獲性騷擾申訴案件，除不予受理之情形外，召集人應於申訴或移送到達之日起七日內指派三人以上之委員組成專案小組進行調查，其成員應有具備性別意識之外部專業人士；專案小組女性委員不得少於二分之一，並得邀請具相關學識經驗者協助。

（二）專案小組調查過程應保護當事人之隱私；必要時，得請當事人到會或實地進行訪談，調查結束後，並應作成調查報告（格式範例如附件三），其內容應包括下列事項，提申評會評議：

           1.性騷擾申訴事件之案由，包括當事人敘述。

           2.調查訪談過程紀錄，包括日期及對象。

           3.事實認定及理由。

           4.處理建議。

（三）申訴案件之評議，得通知當事人及關係人到場說明或提出書面意見（格式範例如附件四）；必要時，得邀請與案情有關之人員或專家、學者列席說明。

（四）申評會會議以不公開為原則。屬性別平等工作法之案件，決議認屬性騷擾者，得作成懲處及其他處理建議，移請人事單位依規定辦理懲處或轉送相關單位執行有關事項；決議認非屬性騷擾者，仍應審酌個案情形，為必要處理建議。屬性騷擾防治法之案件，評議後應將調查報告及處理建議，移送本署所在地地方主管機關辦理。

（五）屬性別平等工作法之案件，其決議應附理由、救濟途徑及受理機關，以書面（密件）雙掛號通知當事人。

（六）申訴案件應自受理之隔日起二個月內作成決定，必要時得延長一個月，並應通知當事人。

屬性別平等工作法之申訴案件，經調查認屬性騷擾者，應將處理結果通知被害人勞務提供地之地方主管機關。

被申訴人於調查期間經依法停止職務，調查結果未認定為性騷擾，或經認定為性騷擾但未依公務人員或相關法律予以停職、免職者，得依各該法律規定申請復職，及補發停職期間之本俸（薪）、年功俸（薪）或相當之給與。

被申訴人為不具公務人員身分之受僱者，經本署或所在地地方主管機關調查後，認定為性騷擾，且情節重大者，本署得於知悉該調查結果之日起三十日內，不經預告終止勞動契約。