（一）無償撥用部分：市縣地政機關接獲核准撥用函件後，可依核定結果造具奉准撥用公地清冊轉送轄區地政事務所逕為辦理管理機關變更登記，地政事務所辦竣變更登記後，應即通知原管理機關繳交土地所有權狀，改註新管理機關名義後，再通知新管理機關領取土地所有權狀。如係公有出租耕地，則由申請撥用機關逕洽耕地承租人依平均地權條例第十一條第二項規定辦理補償及註銷租約手續。但原管理機關未能配合繳交土地所有權狀時，由地政事務所比照土地登記規則第五十七條第一項規定公告作廢，並通知原管理機關。

（二）有償撥用部分：奉准有償撥用後，申請撥用機關於繳清地價款，並洽原管理機關取得土地所有權狀後，將土地所有權狀及付款憑證（影印本）函送市縣地政機關列冊轉請轄區地政事務所逕為辦理土地所有權移轉及管理機關變更登記，並由地政事務所通知新管理機關領取土地所有權狀。如係公有出租耕地，則由原土地管理機關逕洽耕地承租人依平均地權條例第十一條第二項規定辦理補償及註銷租約手續。但原管理機關不願配合提供土地所有權狀時，申請撥用機關得敘明理由，免附土地所有權狀，將付款憑證（影印本）函送市縣地政機關列冊轉請轄區地政事務所逕為辦理土地所有權及管理機關變更登記，並由地政事務所通知新管理機關領取土地所有權狀，至原管理機關持有之土地所有權狀，於登記完畢後，由地政事務所比照土地登記規則第五十七條第一項第一款規定公告作廢，並通知原管理機關。